参政権とは、国民が政治に参与する権利である。15条で、選挙権・被選挙権・国民投票権などの参政権を保障している。選挙権は、普通選挙、平等選挙、自由選挙、秘密選挙、直接選挙の5つの要件（原則）を備えなければならない。普通選挙とは財力・教育などを選挙権の要件としない選挙をいい、15条3項と44条で保障される。平等選挙とは選挙権の価値は平等として一人一票を原則とする選挙をいい、14条1項や44条で保障され、投票価値の平等も保障されると解釈される。自由選挙とは投票を罰則などの制裁によって義務づけない選挙をいい、15条1項などにより保障されると解されている。秘密選挙とは投票内容を秘密にする選挙をいい、15条4項で保障される。直接選挙とは選挙人が公務員を直接に選ぶ選挙をいい、国政選挙では直接これを保障する条項はないが、地方選挙では93条2項で保障する。国民投票権は、憲法改正についてのみ認めている（96条1項）。地方自治特別法に関する住民投票権や、最高裁判所裁判官国民審査もこの権利の一種とされる。
統治規定
日本国憲法は権力分立制（三権分立制）を採る。権力分立とは、国家の諸作用を性質に応じて区別し、それを異なる機関に分離し、相互に抑制均衡を保つことで権力の一極集中と恣意的な行使を防止するものである。権力分立制は、自由主義をその背後の原理とする。通常、立法権・行政権・司法権の権力に区別する。日本国憲法では、立法権は国会（41条）に、行政権は内閣（65条）に、司法権は裁判所（76条）に配される。
日本国憲法は、第1章に天皇に関する事項を定める。天皇は「日本国の象徴であり日本国民統合の象徴」と規定される（1条）。天皇は、内閣の助言と承認により、国民のため、憲法改正、法律、政令及び条約の公布（7条1号）、国会の召集（2号）、衆議院の解散（3号）、官吏の任免の認証（5号）、栄典の授与（7号）、外交文書の認証（8号）などの国事行為を行う（7条）。また、国会の指名に基づいて内閣総理大臣を任命（6条1項）し、内閣の指名に基づいて最高裁判所長官を任命する（同条2項）（6条）。
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国会
国会は国権の最高機関とされ、唯一の立法機関とされる（41条）。国会は衆議院と参議院の二院からなる（42条）。二院のうちでは、衆議院の優越が定められている（予算先議権：60条1項、内閣不信任決議権：69条、決議の優越：59条2項・60条2項・61条、67条2項）。それ以外は対等であり、法律案は、両議院で可決したときに法律となり（59条1項）、予算案・条約の承認も国会の権能である（60条、61条）。また、両議院には各々、内部規律に関する規則制定権がある（58条2項）。
他の二権との関係では、まず、内閣に対しては、国会に内閣総理大臣の指名権があり（67条）、衆議院には内閣不信任決議権がある（69条）。また、院の権能である国政調査権（62条）を行使して、内閣の行う行政事項に関して調査監視する。裁判所に対しては、裁判官弾劾裁判所を設置して、非行のあった裁判官を弾劾する（64条）。もっとも、裁判官弾劾裁判所自体は国会から独立した機関である。また、裁判官は国会が作った法律に当然に拘束される（76条3項）。
内閣
内閣は行政権を担う（65条）。内閣は、内閣総理大臣と国務大臣からなる合議制の機関である（66条）。内閣の首長たる内閣総理大臣は国会議員の中から国会により指名され（67条1項）、天皇に任命される（6条1項）。国務大臣は内閣総理大臣が任命するが、その過半数を国会議員の中から選ばなければならない（68条1項）。内閣は、一般行政事務を行うほか、条約を締結し、予算案を作成し、政令を制定するなどの権限を行使する（73条）。また、内閣は、天皇の国事行為に対し、助言と承認を行う（7条）。
内閣は、天皇への助言と承認を通して衆議院を解散することができる（7条3号）。内閣は、最高裁判所長官を指名し（6条2項）、その他の下級裁判所裁判官を最高裁判所が作成した名簿より任命する（79条1項）。